新型冠状病毒变异毒株NY.3.1.1毒株是LP.8.1.1毒株的后代，NY.3.1.1毒株在JN.1基础上新增S:V1104L，S:F456L，S:K1086R，S:R346T，S:S31del，S:H445R，S:Q493E，S:F186L，S:R190S，S:K679R，S:R765L，S:,K444R，S:A475V等十三个刺突突变，严格意义上来说是JN.1家族的第十一代亚分支，其新增的突变包含两种新的突变组合S:R346T+S:R765L突变组合和S:K444R+S:H445R+S:A475V突变组合。从JN.1演进到NY.3.1.1的过程如下，JN.1演进JN.1.11，再演进到JN.1.11.1。从JN.1.11.1再演进到KP.1，再演进到KP.1.1，从KP.1.1演进到KP.1.1.3，再演进到LP.8，从LP.8演进到LP.8.1，再演进到LP.8.1.1，直到LP.8.1.1先后演进到NY.3，NY.3.1，NY.3.1.1。