接下来，我们进入重难点解析。第一个重难点是寿命期相同或不同的互斥方案的比选。由于资金约束、资源约束和项目不可分性等条件的限制，一些方案不可以被同时采用，故而形成了互斥关系。对于寿命期相同的互斥方案，通常直接采用差额法进行比选，采用的指标通常包括差额收益率（又叫差额内部收益率）和差额净现值，也可以直接用一些指标进行比选，如净现值和最小费用。如果两个或两个以上的互斥方案的寿命期不同，则不能直接用净现值、差额净现值和差额内部收益率进行分析，因为寿命期不同下的净现值等指标没有可比性，而是需要采用最小公倍数法、年值法和研究期法。将项目方案寿命期纳入方案比选分析，是在工程实践中融入可持续发展理念的体现。第二个重难点是资金限制情况下独立方案的选择。资源在大多数情况下都是有限的，因此尽管一些方案在理想情况下是独立方案，在资金限量条件下也要把他们视作相关方案来进行分析。这类问题称为资金限制情况下相关方案的选择。对于资金限制情况下独立方案的选择，需要确定方案的优先次序，使得优质方案先被采纳，以求得最大的经济效益。一般有两种方法：互斥组合法和取舍率法。第三个重难点是收益相同（未知）方案的比选。在工程经济相关研究中时常会遇到这种问题：多个互斥方案的产出效果类似，但是却无法进行具体估算，这很多是由于这些方案自身特点导致的。这些方案通常难以估算其产出，或者可以估算产出，但是产出难以用金钱量化，从而无法获得其现金流量，例如国防、环保等项目。由于无法获得现金流量，也就无法用净现值、差额净现值和差额收益率等指标进行互斥方案比选，只能假设各方案的收益是相等的，将各方案的费用拿出来进行比较，选取费用最小的方案最为最优方案。这种分析方法被称为最小费用法。最小费用法选择了资源投入最小的方案，减少了浪费，是一种能够有效节约资源的方法。